高新区集团党委下设二级党委1个（广州市微生物研究所党委），党总支2个（高新建设党总支、黄陂公司党总支），党支部24个。现有党员365名。集团设党群工作部，负责党建工作。

2017年以来，高新区集团党委重视“榜样的力量”，不断挖掘系统内优秀党组织和优秀党员事迹，加强树立典型和标杆。涌现出了一批先进党组织和个人：

2017年，广州市国营黄陂农工商联合公司党总支部等5个基层党组织荣获高新区集团“优秀基层党组织”称号；熊宇勤、雷佳俭等10人荣获集团“优秀党务工作者”称号。

2018年，广州市国营黄陂农工商联合公司党群党支部荣获“2018年广州市星级党支部”称号。

2019年，集团办公室党支部等5个党组织荣获集团“2019年度先进党组织”称号；芮守红、李斌等5名同志荣获集团“优秀党务工作者”称号；李伟良、林思红等11名同志荣获集团“优秀共产党员”称号。

2019年，广州市国营黄陂农工商联合公司党总支部荣获“黄埔区广州开发区先进党组织”称号；杨戈同志荣获“黄埔区广州开发区优秀共产党员”称号。

2021年7月，高新控股党支部荣获“黄埔区 广州开发区2020年度先进党组织”称号。